Nace en Mundaka, Bizkaia.
Realiza estudios de piano, clave, órgano, canto, dirección de coros y música antigua en diversos conservatorios y centros especializados de Europa obteniendo las máximas calificaciones.
Tiene en su haber diversos galardones entre los que cabe destacar el premio “Andrés Segovia” de la Universidad de Santiago de Compostela. Ha participado en diversas grabaciones discográficas para sellos como RTVE, Lycanus y Ausart Records y realizado conciertos en Europa y Asia dentro de importantes festivales.
Benantzi Bilbao ha dirigido ciclos musicales como el "Festival Internacional de música de Lekeitio", "Semana de música sacra de Elche" y "Els orgues d’Alacant".
En la actualidad es director de los festivales de música de órgano “Urdaibaiko Organoak”, “Festival internacional de órgano Ciudad de Monóvar” y profesor numerario de órgano y clave del Conservatorio “Guitarrista José Tomás” de Alicante.